En una decisión de amplio alcance por el encrubrimiento del atentado a la AMIA, el juez Claudio Bonadio también libró órdenes de detención contra el ex líder de Quebracho Fernando Esteche y el operador pro Irán Jorge "Yussuf" Khalil, argentino de origen libanés.

Los considera parte de los "canales paralelos de comunicación y negociación, no oficiales", como "vías concretas, eficientes y confiables para avanzar con el objetivo criminal planeado": encubrir a los acusados iraníes.

Para el juez federal Claudio Bonadio, junto al piquetero Luis D'Elía, Esteche y Khalil integraron "un grupo de individuos estrechamente vinculados con funcionarios y ex funcionarios de los gobiernos involucrados", que desde la informalidad "contribuyeron estratégica y sustancialmente con las acciones necesarias para la concreción del plan". Para el magistrado, la meta era implementar un plan superior diseñado por la ex presidenta Cristina Fernández y el ex cancillera Héctor Timerman, para encubrir a los cinco iraníes acusados del atentado de la AMIA.

Khalil es un representante de la comunidad islámica en la Argentina. Para Bonadio, está "vinculado estrechamente al imputado prófugo iraní Mohsen Rabbani" y quien mantenía las conversaciones telefónicas con D'Elía, según la investigación.

El magistrado consideró que Khalil "ejerció un rol central en la construcción de la estrategia y como nexo de comunicación entre las autoridades iraníes y argentinas para que el plan de impunidad avanzara".

La denuncia original del caso fue del fiscal Alberto Nisman, quien apareció muerto pocos días después de hacer esa gravísima acusación, con Fernández de Kirchner aún presidenta. En el caso de Esteche, para Bonadio "mantuvo siempre una postura favorable a los intereses iraníes, tanto que incluso ha sido sostenido económicamente, en distintas ocasiones y de diferentes maneras, por dicho régimen. Al momento de los hechos tenía vinculación directa con Mohsen Rabbani, Luis D´Elía y Andrés Larroque, así como un fluido contacto con Jorge Khalil".