El dueño de Trenes Metropolitanos General Roca, Sergio Taselli y miembros de la Comisión Nacional de Regulación de Transporte (CNRT) fueron procesados por la Sala I de la Cámara Federal porteña por el delito de administración infiel agravada en perjuicio del Estado entre 1996 y 2002.

Taselli, que había conseguido el sobreseimiento de parte de la jueza federal María Servini de Cubría, no pudo con la apelación del fiscal Federico Delgado, quién señaló "a los responsables de la empresa un flagrante incumplimiento de las obligaciones a su cargo (materializado, por ejemplo, en la falta de mantenimiento del material rodante y de las estaciones, deterioro de coches) y a los representantes del organismo público haber violado durante el seguimiento del contrato los deberes de contralor".

Los camaristas pidieron, además, que se investigue a las autoridades de la Secretaría de Transporte, encargada junto a la CNRT, de controlar el servicio. En 2007, con la noticia de las presuntas irregularidades de Taselli, el entonces presidente Néstor Kirchner decidió rescindir el contrato en la explotación del Ferrocarril Roca, informó Perfil.com.